L'Associazione nasce dalla volontà di un gruppo di 10 persone. Dopo una fase iniziale caratterizzata dalla vendita settimanale di prodotti provenienti dal mercato equo e solidale presso le sedi Acli e, successivamente, presso un negozio in via Garibaldi, Macondo trova una collocazione definitiva nei locali di Piazza Lombardi. A partire da maggio 2001 l'Associazione comincia ad ottenere dei successi: aumentano i prodotti trattati, i volontari e le persone che frequentano il negozio, che può mantenere l'apertura quotidiana. 
Da febbraio 2012 Macondo si trasforma in "Macondo Società Cooperativa Sociale" con finalità di gestione delle attività commerciali.
In capo all'Associazione Macondo resta la promozione delle attività culturali e di sostegno al commercio equo-solidale internazionale.